Saldos de IVA Pendientes de Compensación: el Supremo Fija 10 Años
Jurisprudencia / Derecho Tributario
29/09/2026
La Sentencia del Tribunal Supremo núm. 988/2026, de 23 de julio (recurso de casación 5852/2023), dictada en unificación de doctrina, establece que la Administración tributaria puede comprobar, e incluso corregir, los saldos de IVA pendientes de compensación generados en períodos prescritos cuando el contribuyente los aplica en ejercicios posteriores que todavía pueden ser objeto de comprobación. Dos meses después de su dictado, la doctrina se consolida como referencia para empresas y autónomos que arrastran saldos a compensar. Deal Tax & Legal analiza sus claves y sus consecuencias prácticas.
El origen de la controversia
El caso analizado se refería a varios saldos de IVA generados durante los tres primeros trimestres de 2015. Cuando la Administración inició sus actuaciones, su derecho a liquidar esos períodos ya había prescrito, pero la sociedad había trasladado el saldo pendiente y pretendía compensarlo en la autoliquidación del cuarto trimestre de 2015, período que todavía estaba abierto a comprobación.
La entidad defendía que la prescripción de los trimestres de origen impedía a Hacienda revisar las operaciones que habían determinado el importe del saldo. Según su planteamiento, cualquier comprobación supondría reabrir indirectamente períodos prescritos y vulneraría el principio de seguridad jurídica. a Administración sostenía la interpretación contraria, y el Tribunal Superior de Justicia de la Comunidad Valenciana respaldó esta segunda posición, lo que llevó la controversia hasta el Tribunal Supremo, que fijó doctrina jurisprudencial al respecto.
Prescripción del derecho a liquidar y facultad de comprobar
La clave de la sentencia está en separar el derecho de la Administración a determinar una deuda tributaria mediante liquidación de su potestad para comprobar hechos, operaciones o elementos fiscales. La prescripción impide modificar la deuda de un período ya cerrado, pero eso no significa que todos los datos y créditos nacidos durante ese período se conviertan automáticamente en intangibles.
Tras la reforma de 2015, los artículos 66 bis y 115 de la Ley General Tributaria reconocen expresamente que la Administración puede examinar determinados elementos procedentes de ejercicios prescritos cuando desplieguen efectos en obligaciones que aún no han prescrito. El artículo 66 bis establece un plazo específico de diez años para comprobar ciertas bases, cuotas y deducciones pendientes de compensación o aplicación, lo que refuerza la autonomía de la facultad comprobadora frente al plazo general de cuatro años para liquidar.
El saldo pendiente de IVA es un crédito fiscal
Uno de los argumentos de la recurrente consistía en afirmar que la terminología del artículo 66 bis no comprendía los saldos de IVA pendientes de compensación, ya que la ley del impuesto emplea la expresión «saldo» en lugar de «cuota». El Tribunal Supremo rechaza esta interpretación literal: con independencia de su denominación, se trata de un crédito fiscal que el contribuyente hace valer en una autoliquidación posterior, y que reduce el resultado a ingresar o aumenta la cantidad pendiente de compensar. No sería coherente, razona el Tribunal, que la Administración pudiera comprobar el ejercicio en el que se aplica el saldo, pero estuviera obligada a aceptar sin revisión alguna una cantidad procedente de períodos anteriores.
Hacienda puede comprobar, pero no liquidar el período prescrito
La sentencia no permite reabrir de manera general los períodos prescritos. La Administración sigue sin poder practicar liquidaciones correspondientes a ejercicios cuyo plazo de prescripción haya finalizado. Su actuación debe limitarse a comprobar la realidad, procedencia y cuantía del saldo que se utiliza en un período posterior, y la eventual regularización tendrá efectos sobre este último ejercicio, no sobre el período en el que nació el crédito.
Hacienda puede revisar, por ejemplo, si las cuotas soportadas que originaron el saldo eran deducibles, si las operaciones existieron, si estaban correctamente documentadas o si el importe trasladado coincide con el declarado. Lo que no podrá hacer es exigir una deuda adicional correspondiente al trimestre prescrito como si su derecho a liquidarlo continuara vigente.
El principio que subyace: la prescripción protege frente a la liquidación, no blinda el crédito
Más allá del caso concreto, la doctrina recuerda que la prescripción es una garantía de seguridad jurídica frente a una liquidación extemporánea, pero no convierte en inalterable un crédito fiscal que el propio contribuyente decide seguir utilizando. Quien proyecta un saldo sobre un ejercicio abierto acepta que ese saldo pueda ser examinado, porque de él depende la correcta determinación de la deuda de ese ejercicio.
Esta idea invierte, en cierto modo, la forma en que muchos contribuyentes entienden la prescripción. No es un mecanismo que «limpia» retroactivamente cualquier elemento fiscal generado en un período antiguo, sino una garantía que protege frente a que la Administración vuelva a exigir algo ya cerrado. Si el propio contribuyente decide mantener vivo ese elemento (en este caso, arrastrándolo como saldo pendiente año tras año), es razonable que también asuma que su origen pueda seguir siendo objeto de revisión mientras siga produciendo efectos. Dicho de otro modo: la prescripción beneficia a quien deja atrás un período, no a quien sigue utilizando activamente lo que nació en él.
Consecuencias prácticas para empresas y profesionales
La sentencia obliga a extremar la conservación de la documentación relacionada con los saldos de IVA pendientes de compensación. Que haya prescrito el período en el que se originaron no garantiza que Hacienda no pueda solicitar facturas, libros registro, justificantes contables y demás pruebas sobre su procedencia. Las empresas deberán mantener una trazabilidad clara entre el saldo inicialmente declarado, las cantidades compensadas en cada autoliquidación y el importe pendiente para períodos posteriores. La cuestión resulta especialmente relevante para los autónomos y las pymes que acumulan IVA a compensar durante varios ejercicios, un área donde el asesoramiento fiscal especializado puede anticipar problemas antes de que llegue una comprobación.
En la práctica, muchas empresas archivan la documentación soporte siguiendo el plazo general de prescripción de cuatro años, dando por hecho que después ya no la necesitarán. Esta sentencia obliga a repensar ese criterio: mientras un saldo siga arrastrándose y aplicándose, conviene conservar toda la documentación asociada durante el plazo especial de diez años del artículo 66 bis, no solo durante los cuatro años generales. Es un cambio de hábito de archivo que puede marcar la diferencia entre defender con éxito un saldo compensado y perderlo por no poder acreditarlo.
Desde Deal Tax & Legal, firma especializada en asesoramiento jurídico, fiscal y patrimonial, subrayamos que esta sentencia es una referencia obligada para cualquier empresa o profesional que arrastre saldos de IVA a compensar, y recomendamos revisar de forma preventiva la documentación que respalda cada uno de ellos antes de que se inicie cualquier actuación de comprobación.
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